Beim Verbuchen (via "Einlesen" > "Bankdaten einlesen (CAMT/XML)") musst du nicht zwei Buchungen machen, denn der Ertrag ist ja bereits auf die zwei unterschiedlichen Konten verbucht. Die Zahlung ist ja eine einzelne Buchung auf die Bank. Die behält man als eine in der Buchhaltung. Am Ende hast du 3 Buchungen, aber davon musst du keine separat machen. Am Besten wählst du beim Einlesen die Aktion "Rechnung auf Betrag erhöhen" (sollte automatisch ausgewählt sein), dann musst du nichts mehr von Hand buchen. Dann wird automatisch der erste Rechnungsposten so angepasst, dass der Gesamtbetrag der Rechnung stimmt. Bei dieser Methode musst du beim Erstellen der Rechnungen darauf achten, dass der erste Rechnungsposten der variable Betrag ist. Welcher Rechnungsposten erhöht wird, kann man aktuell nur über die Reihenfolge beeinflussen.
Bei Zahlungen, bei denen nur der fixe Betrag bezahlt wurde, wählst du die Aktion "Teilzahlung verbuchen und Restbetrag ausbuchen". Dann sollte der übrige Betrag automatisch weg sein.
Ausbuchen über 0.- geht nicht, und macht auch keinen Sinn (denn dann würde man ja den Rechnungsbetrag um 0.- reduzieren, was keine Änderung bedeuten würde). Ausbuchen macht man über den restlichen offenen Betrag (restlicher offener Betrag = 20.-, dann buche ich 20.- aus), so dass die Rechnung ausgeglichen ist und der offene Betrag = 0.-.
Wenn du aber auch die Abschreibung nicht in der Buchhaltung haben möchtest, dann bleibt dir nichts anderes übrig, als den Rechnungsposten aus der Rechnung zu löschen. Dies ist aber viel manuelle Arbeit und würde ich nicht empfehlen.
Hier solltest du zusätzlich aufpassen, dass du dies nur bei Rechnung machst, die in der gleichen Periode erstellt wurden. Sonst kommt es zu Unstimmigkeiten bei den transitorischen Beträgen (Übertragskonto), diese müsste man dann manuell korrigieren.